本丸は城の最高所にあり、南北約180ｍ・東西約100ｍで、いびつな亀甲形状をしている。全周に濠と土塁が巡らされ、北西に天守に相当する御三階櫓、北東に菱櫓、南西に弓櫓、南東に巽櫓（辰巳櫓）があがっている。
虎口は西側の馬出し状の小曲輪へつながる本丸門（本丸表門）と、東帯曲輪につながる裏門がある。
内部は、中世から近世初期にかけて城主の居館があったと推定されるが、詳細はわからない。徳川将軍家の日光社参が始まり、その道中の宿泊城となると、本丸御殿（御成御殿）が整備されたが、江戸時代中期に老朽化のため取り壊され、以降は空き地となった。
