城主の住まい、そして藩の役所（藩庁）でもある。 だが歴代城主は幕府要職に就いている者が多く、ほとんど江戸や任地で過ごす上、夫人は江戸常駐だったため女性の住まいも無く、小規模な御殿であった。
　御殿表門や式台前のアプローチが無いのは敷地が狭い影響と思われるが、窮屈な配置となっている。

　建物群の中央付近に東向きに玄関があり、南側に書院・大広間などの「表向」、西側が城主の居室などの「奥向」、北側は台所および役所などに分かれている。

　「表向」は上段から竹ノ間へＬ字形に五室続く、古式な造りである。 書院に風呂屋が付属しているが、格式高い書院になぜこのような設備があるのか謎である。
　書院上段が床・違棚・納戸構・附書院を備えた最上位の構成であることや、大広間の東に唐門があるのは、将軍御成りに関連していると考えられる。
　本丸に御成御殿がありながら、二ノ丸にも御成り設備がある例として小田原城があるが、使い分けしていたのか、建設時期が違うせいなのか、検討が必要なところである。

　「奥向」では居間は城主が政務を行う部屋で、寝間が休息の部屋である。 湯殿・用場も付属する。
　本丸御成御殿を使わなくなって以降、日光社参のたびに居間の南側に、将軍宿所が建てられている。

　役所は役ごとの部屋割りが粗く未分化である。また、台所関係も狭く、古式な印象を受ける。

　火事の記録は見当たらないが建替や増改築は行われたらしく、居間棟や役所・台所などは時代によって変化がみられる。